La santé numérique soulève de nombreux problèmes politiques. Premièrement, les technologies numériques peuvent diminuer ou favoriser la démocratie dans le système de soins de santé. En particulier, la question se pose de savoir s’il faut reconnaître de nouveaux droits aux individus associés à leurs données ou au contraire si le cadre légal actuel est suffisant pour permettre à la fois un développement de l’usage secondaire de ces données, pour la recherche ou pour le soin, et en même temps une protection adéquate des individus. Deuxièmement, elle soulève une tension entre la souveraineté nationale et les forces mondiales puisque les réseaux numériques permettent aux données et aux algorithmes de traverser les frontières avec un contrôle juridique national ou européen très faible. En particulier, l’approche « One Health » qui est apparue en 2005 avec la panzootie de grippe aviaire et qui a été renforcée par la pandémie de Covid-19 soulève cette question. En effet, elle recommande de traiter en même temps la santé humaine, la santé animale et la santé de l’environnement, et de trouver des moyens de mutualiser les données sur ces trois règnes qui restent aujourd’hui très séparés dans les organisations nationales et internationales.
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